Cuando aún persiste la inflamación y bolsas profundas a pesar de haber eliminado el sarro y la placa dentobacteriana por debajo de la encía (raspados) y obtener una superficie de raíz lisa y pulida (alisado radicular), es indicada la cirugía periodontal. Solamente un periodoncista certificado está altamente entrenado para realizar este procedimiento.

Esta tiene como objetivo remover los depósitos de sarro de las bolsas profundas y así reducir la bolsa periodontal. Esto generalmente elimina el problema por completo ayudándole al paciente a mantener limpia esa parte de la boca, y evitar que la destrucción de hueso siga avanzando.